לכאורה תהום פעורה בין ברוך בנדיקטוס שפינוזה (1677-1632) ובין הרב אברהם
יצחק הכהן קוק (הראי"ה, 1935-1865): זה כופר במציאותו של אל עליון ובאפשרות
ההתגלות, וזה מאמין במעמד הר סיני ושואף לנבואה; זה רציונליסט המנסה לסלק כל
שמץ מסתורין מהעולם, וזה — אמן השירה והמיסטיקה הרואה בכל פרט עולמות עליונים
ונשגבים. מה גרם אפוא לראי"ה, רב אורתודוקסי במפנה המאה ה־ 20 , להתייחס בכתביו
שוב ושוב לפילוסוף הכופר שנוּדה מקהילת היהודים באמסטרדם מאתיים שנה לפניו?
מקריאה מעמיקה בכתבי הראי"ה עולה מסקנה מפתיעה: הרב קוק חש חיבור נפשי
עמוק לשפינוזה. לא זו בלבד שהעריך את דעותיו ככאלו שחוללו את העת החדשה, אלא
סבר שמשנתו הפנתאיסטית נושקת לתפיסות קבליות וחסידיות. יתרה מזו, הוא חש
שנשמותיהם, שלו ושל שפינוזה, יונקות מאותו שורש.

בעקבות זאת יצא הראי"ה למשימה עיונית ואישית כבירה: גיבוש משנה פנתאיסטית
חלופית לזו של שפינוזה. משימה זו אינה גלויה לעיני הקורא. בכתביו המקוריים היא
מנוסחת במרומז ולמקוטעין, ובכתביו הערוכים היא נזנחה לחלוטין או טושטשה במתכוון.
הרב צבי יהודה, בנו, התעלם ממנה; הרב דוד כהן (הנזיר), תלמידו, התנגד לה נחרצות
ופירש את עמדת רבו באמצעות המונח הפילוסופי פנאֶֶנתאיזם, אף על פי שהראי"ה לא
השתמש בו מעולם.

הספר שורש נשמתו מבקש לחשוף משימה סמויה זו שנטל על עצמו הרב קוק ומראה
כי לאמיתו של דבר חלקים נרחבים בהגותו התגבשו תוך כדי התפלמסות חבויה עם
משנתו של ההוגה מאמסטרדם. משעומדים על כך, מתבהרים לעומקם תפיסת
האלוהות שלו, כתיבתו הקבלית, יחסו למודרנה והפרשנות הטרנספורמטיבית שחולל
במושגים מרכזיים ביהדות, כגון נס, נבואה, גאולה ותפילה. השיח והשיג הסמוי של הרב
קוק עם שפינוזה מהווה לפיכך מפתח מרכזי להבנת משנתו.
 

שורש נשמתו מציע קריאה עיונית מחודשת בעולמו הדתי של הרב קוק ובהגותו
הפילוסופית, ובוחן את משנתו בזיקתה לזרמים מרכזיים הן במחשבת ישראל והן
בפילוסופיה הכללית.